强大的科研图片处理软件——Image J

Image J是一款基于JAVA的图像处理软件，易用、兼容、插件众多且完全免费，可以说有这一款软件，几乎没有医学生/生物狗处理不了的图片。图像的区域大小和像素统计，长度，角度测量分析；阳性点密度和数量分析；光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。WesteRn blot分析和细胞计数都不在话下。

最近在用Image J分析几张激光共聚焦显微镜（LaseR scanning confocal micRoscope）拍摄的片子时遇到很多困难，还好最终攻克。现在就把用法分享出来，希望能够帮到有困扰的同学！

下面我们以分析confocal图片（下图）的荧光强度及颗粒大小为例：

分析目的是：

1、分析该图片中绿色荧光强度；

2、分析图中每一个绿色荧光颗粒大小（直径）。

首先，打开Image J软件，打开目标图片：File-Open。

点击放大镜，点击图片，将baR放大。

点击直线工具

将baR选中

点击analyze-set scale

在Known distance的位置填入已知的比例尺长度。我没有修改单位（inch），因为后续出来的长度都是同一单位，没必要修改。

如果多张图片都进行同步操作，请勾选Global，这样后面的图片就不用set scale了。

设置好这一步，用 ctRl+放大镜，把图片缩小到合适尺寸。

因为细胞核是DaPI染色的，同样有蓝色荧光。我们需要把蓝色荧光的干扰去掉。我是这样做的：

点击主面板的“任意图形工具”

把图片上需要测量的绿色荧光勾出来

点击Edit-cleaR outside，得到这样一张丑图

点击image-type-8BIt，Edit-inveRt，得到下图

点击image-adjust-ThReshold，移动滑块，选好要分析的荧光颗粒范围。

Default选项选择B&W（黑白），点apply。

下面点击analyze-set measuRements，设置你想得到的参数

如果想分析整个图片的荧光强度，勾选以下参数

点击analyze- measuRe，得到整个图片的荧光强度。会自动跳出一个Results框，结果可以自由复制剪切到excel。

至此，目的1已经达到。接下来分析各个荧光颗粒。

因为有些颗粒靠的很近，软件自动把它们连到了一起（箭头），我们要分开它们。

点击PRocess-BInaRy-wateRshed

妥了，就是这么神奇。

下面点击analyze-set measuRements设置参数。我试了好多次，最后觉得勾选这几个指标，可以最准确地得到我想知道的颗粒直径。

点analyze-analyze particles，跳出来的框框一定要选outline，可以直观看到软件给你选了哪些颗粒（红色的），点OK。

结果的框里会显示这些颗粒的详细信息。

最后一栏min FeRet，就是颗粒的直径。

此处插入一个概念：

费雷特径(FeRet’s diameteR oR FeRetdiameteR)

这是一种常用的粒径表示方法

dF：沿一定方向测得的颗粒投影轮廓两边界平行线间的距离

因为我们最开始设置过scale，所以这个直径就是实际数值，单位为μm（baR是10μm）。

接着还可以用image J对粒径进行分析。很洋气。

点analyze-DistRibution

可自动设置BIn，也可以自己设置要几个节点，我随便填了”4”,范围的话不需要改动。点击OK后出现下图。对这108个颗粒大小分析的直方图。

点击List，还可以看到各区间内的颗粒数。

至此，我们的目的2也完成了！

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